特定秘密保護法は、官僚の活動の隠蔽、軍事・外交情報の漏えいについての管理的な法律に見えるが、そればかりではない。
特定秘密とは何か、この法案になにが隠されているのかという観点からいうと、次のようなことが想定できる。

特定秘密保護法の第二章: （特定秘密の指定）: 第三条で、

行政機関の長（当該行政機関が合議制の機関である場合にあっては当該行政機関をいい、【前条第四号及び第五号の政令で定める機関】（合議制の機 関を除く。）にあってはその機関ごとに政令で定める者をいう。第十一条第一号を除き、以下同じ。）は、【当該行政機関の所掌事務】に係る別表に掲げる事項に関 する情報であって、

とあって、この【　】は、第一章　総則 第二条　四にある、

…警察庁その他政令で定めるもの…

をもいうのであり、ここは公安活動も含めた警察活動全体を指している。
つまり、これが治安維持法の代替になっているということだ。
公安・警察の活動すべてを秘密指定できるわけだ。
これは、おおっぴらにというのも妙だが、警察活動で秘密裏に逮捕、拘束などをしても、その一切の秘密を指定して、開示しないということが可能だということでもある。
場合によっては、取扱い業務者(官僚)が恣意的に、罪状をも問わず、裁判もしないで死刑にして、歴史から抹殺するということも。